Fylogenetische stamboom: verschil tussen versies

Uit Wiki Raamsdonks Erfgoed
k (boom is mannelijk (zie taalunie))
 
(Nieuwe pagina aangemaakt met 'thumb|450px|Een fylogenetische stamboom geeft grafisch weer hoe verschillende taxa verwant zijn. Bovenstaande stamboom geeft een overzicht van de verwantschap tussen de [[rijk (biologie)|rijken waar alle organismen onder vallen.]] Een '''fylogenetische stamboom''' is in de evolutiebiologie een schema dat de evolutionaire geschiedenis van een bepaalde groep verwante biologische soort...')
Regel 1: Regel 1:
[[Bestand:Phylogenetic tree.svg|thumb|450px|Een fylogenetische stamboom geeft grafisch weer hoe verschillende taxa verwant zijn. Bovenstaande stamboom geeft een overzicht van de verwantschap tussen de [[rijk (biologie)|rijken]] waar alle organismen onder vallen.]]
[[Bestand:Phylogenetic tree.svg|thumb|450px|Een fylogenetische stamboom geeft grafisch weer hoe verschillende taxa verwant zijn. Bovenstaande stamboom geeft een overzicht van de verwantschap tussen de [[rijk (biologie)|rijken]] waar alle organismen onder vallen.]]
Een '''fylogenetische stamboom''' is in de [[evolutiebiologie]] een schema dat de [[Evolutie (biologie)|evolutionaire]] geschiedenis van een bepaalde groep verwante [[biologie|biologische]] [[soort]]en (of andere [[taxon|taxa]]) weergeeft. De relaties zelf worden de [[fylogenie]] genoemd. De boom laat het patroon zien waarmee de soorten van een [[gemeenschappelijke voorouder]] afstammen. Hij laat zien wanneer bepaalde taxa en [[Evolutietheorie|afstammingslijnen]] verschenen en hoe nauw deze taxa met elkaar [[Verwantschap (biologie)|verwant]] zijn.<ref>Freeman & Herron (2003), pp 549-550</ref>
Een '''fylogenetische stamboom''' is in de [[evolutiebiologie]] een schema dat de [[Evolutie (biologie)|evolutionaire]] geschiedenis van een bepaalde groep verwante [[biologie|biologische]] [[soort]]en (of andere [[taxon|taxa]]) weergeeft. De relaties zelf worden de [[fylogenie]] genoemd. De boom laat het patroon zien waarmee de soorten van een [[gemeenschappelijke voorouder]] afstammen. Hij laat zien wanneer bepaalde taxa en [[Evolutietheorie|afstammingslijnen]] verschenen en hoe nauw deze taxa met elkaar [[Verwantschap (biologie)|verwant]] zijn. <ref>Freeman & Herron (2003), pp 549-550</ref>  


In de boom representeert elk [[knooppunt (wiskunde)|knooppunt]] de [[recentste gemeenschappelijke voorouder]] en de [[Grafentheorie|gerichte]] lijnen hun relatie. Soms geeft de lengte van de lijnen een schatting van de verstreken tijd weer. Aan de uiteinden en niet bij de knopen staan de ''taxonomische eenheden''. Interne knooppunten noemt men ''hypothetische taxonomische eenheden'' omdat deze niet direct [[waarneming (perceptie)|waargenomen]] kunnen worden. Vaak wordt er bij een knoop toch de naam van een taxonomische groep gezet om het verband te tonen met een taxonomische indeling - zo wordt aangegeven dat alle er onder staande taxa tot die bepaalde taxonomische groep behoren.
In de boom representeert elk [[knooppunt (wiskunde)|knooppunt]] de [[recentste gemeenschappelijke voorouder]] en de [[Grafentheorie|gerichte]] lijnen hun relatie. Soms geeft de lengte van de lijnen een schatting van de verstreken tijd weer. Aan de uiteinden en niet bij de knopen staan de ''taxonomische eenheden''. Interne knooppunten noemt men ''hypothetische taxonomische eenheden'' omdat deze niet direct [[waarneming (perceptie)|waargenomen]] kunnen worden. Vaak wordt er bij een knoop toch de naam van een taxonomische groep gezet om het verband te tonen met een taxonomische indeling - zo wordt aangegeven dat alle er onder staande taxa tot die bepaalde taxonomische groep behoren.
<!--
&lt;span class="mwt-editable mwt-comment" id="R1712281210337" " draggable="false" contenteditable="true"&gt;


==Opmaak van een Fylogenetische Stamboom==
==Opmaak van een Fylogenetische Stamboom==
Regel 11: Regel 11:


Neem steeds een outgroup mee, wanneer je een fylogenetische stamboom opmaakt.
Neem steeds een outgroup mee, wanneer je een fylogenetische stamboom opmaakt.
-->
== Hypothesen ==
== Hypothesen ==
[[Bestand:Eocyte hypothesis.png|thumb|350px|Eocyte-hypothese]]
[[Bestand:Eocyte hypothesis.png|thumb|350px|Eocyte-hypothese]]
Bij verschil van inzicht ontstaan verschillende stambomen naast elkaar. Het voorbeeld toont verschillende [[hypothese]]n voor het ontstaan van de eukaryoten.<ref>{{Citeer journal | author = Cox, C. J., Foster, P. G., Hirt, R. P., Harris, S. R., Embley, T. M. | date = 2008 | title = The archaebacterial origin of eukaryotes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 105 | issue = 51 | pages = 20356-61 | doi = 10.1073/pnas.0810647105}}</ref> Links hebben alle [[Archaea|archaebacteriën]] ([[Euryarchaeota]] + [[Crenarchaeota]]) en de [[Eukaryoten]] één gezamenlijke voorouder en vormen twee aparte [[domeinen]]. Rechts hebben de [[Eukaryoten]] zich pas later samen met de Crenarchaeota ontwikkeld uit één gemeenschappelijke voorouder (vanaf het pijltje). Daar vormen de Archaea en de Eukaryoten samen één domein. Links vormen de Archaea een [[Monofyletische groep|monofyletisch]] taxon, rechts is die groep [[Parafyletische groep|parafyletisch]].
Bij verschil van inzicht ontstaan verschillende stambomen naast elkaar. Het voorbeeld toont verschillende [[hypothese]]n voor het ontstaan van de eukaryoten. <ref>{{Citeer journal | author = Cox, C. J., Foster, P. G., Hirt, R. P., Harris, S. R., Embley, T. M. | date = 2008 | title = The archaebacterial origin of eukaryotes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 105 | issue = 51 | pages = 20356-61 | doi = 10.1073/pnas.0810647105}}</ref> Links hebben alle [[Archaea|archaebacteriën]] ([[Euryarchaeota]] + [[Crenarchaeota]]) en de [[Eukaryoten]] één gezamenlijke voorouder en vormen twee aparte [[domeinen]]. Rechts hebben de [[Eukaryoten]] zich pas later samen met de Crenarchaeota ontwikkeld uit één gemeenschappelijke voorouder (vanaf het pijltje). Daar vormen de Archaea en de Eukaryoten samen één domein. Links vormen de Archaea een [[Monofyletische groep|monofyletisch]] taxon, rechts is die groep [[Parafyletische groep|parafyletisch]].
{{Clearboth}}
{{Clearboth}}


Regel 29: Regel 27:
=== Geschiedenis ===
=== Geschiedenis ===
==== Indeling van Aristoteles ====
==== Indeling van Aristoteles ====
[[Bestand:Haeckel arbol bn.png|thumb|Stamboom volgens [[Ernst Haeckel]] uit 1866.]]
[[Bestand:Haeckel arbol bn.jpg|thumb|Stamboom volgens [[Ernst Haeckel]] uit 1866.]]
[[Bestand:stammbaum_haeckel.jpg|thumb|Stamboom volgens [[Ernst Haeckel]] uit 1874, met de mens bovenaan als sluitstuk van de evolutie.]]
[[Bestand:stammbaum_haeckel.jpg|thumb|Stamboom volgens [[Ernst Haeckel]] uit 1874, met de mens bovenaan als sluitstuk van de evolutie.]]
Pogingen tot [[classificatie]] van [[organisme]]n zijn er al zeer lang. [[Aristoteles]] (384-322 v.Chr.) maakte een indeling van de '''[[Dieren (biologie)|dieren]]''', waarin al een begin van een fylogenie is te herkennen:
Pogingen tot [[classificatie]] van [[organisme]]n zijn er al zeer lang. [[Aristoteles]] (384-322 v.Chr.) maakte een indeling van de '''[[Dieren (biologie)|dieren]]''', waarin al een begin van een fylogenie is te herkennen:


{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|style="font-size:85%;line-height:125%;"|{{Stamboom2}}
| style="font-size:85%;line-height:125%;" | {{Stamboom2}}
* '''Dieren'''
* '''Dieren'''
** '''Enhaima''' (dieren met bloed) (± [[gewervelden]])
** '''Enhaima''' (dieren met bloed) (± [[gewervelden]])
Regel 41: Regel 39:
*** eierleggende dieren
*** eierleggende dieren
**** beschubd ([[reptielen]])
**** beschubd ([[reptielen]])
**** {{Stamboom2/einde tak}} schubloos ([[amfibieën]])
****  
*** {{Stamboom2/einde tak}} [[vissen (dieren)|vissen]]
{{Stamboom2/einde tak}}schubloos ([[amfibieën]])
***  
{{Stamboom2/einde tak}}[[vissen (dieren)|vissen]]
**** spoelvormige kraakbeenvissen ([[haaien]])
**** spoelvormige kraakbeenvissen ([[haaien]])
**** platte kraakbeenvissen ([[roggen]])
**** platte kraakbeenvissen ([[roggen]])
**** {{Stamboom2/einde tak}} [[beenvissen]]
****  
** {{Stamboom2/einde tak}} '''Anaima''' (dieren zonder bloed) (± [[ongewervelden]])
{{Stamboom2/einde tak}}[[beenvissen]]
**  
{{Stamboom2/einde tak}}'''Anaima''' (dieren zonder bloed) (± [[ongewervelden]])
*** weekdieren (± [[inktvissen]])
*** weekdieren (± [[inktvissen]])
*** weke schaaldieren (± [[kreeftachtigen]])
*** weke schaaldieren (± [[kreeftachtigen]])
*** gelede dieren (± [[insecten]] + [[spinnen (dieren)|spinnen]] + [[ringwormen]])
*** gelede dieren (± [[insecten]] + [[spinnen (dieren)|spinnen]] + [[ringwormen]])
*** {{Stamboom2/einde tak}} schaaldieren (± [[weekdieren]] + [[stekelhuidigen]])
***  
{{Stamboom2/einde tak}}schaaldieren (± [[weekdieren]] + [[stekelhuidigen]])
{{Stamboom2/einde}}
{{Stamboom2/einde}}
|}
|}
Regel 57: Regel 60:
Tegen het einde van de [[20e eeuw]] bleek het duidelijk dat de bestaande stamboom niet meer voldeed. Het oorspronkelijke [[morfologie (biologie)|morfologisch]] en [[anatomie|anatomisch]] onderzoek, met het uitgangspunt dat [[Verwantschap (biologie)|vormverwantschap duidt op bloedverwantschap]], werd uitgebreid met [[celbiologie|cytologisch]] onderzoek en [[biochemie|biochemisch]] onderzoek aan [[proteïne]]n en aan [[Desoxyribonucleïnezuur|DNA]]. Een eenvoudige indeling in plantenrijk en dierenrijk was niet meer houdbaar: er waren te veel groepen die daar niet te plaatsen waren of juist in beide met evenveel recht. De [[schimmels]] werden al als zelfstandige groep gezien. Het was echter nog niet goed mogelijk een nieuwe stamboom op te stellen zodat de bestaande nog lang in gebruik bleef. Veel van de verouderde namen worden nog steeds gebruikt, maar meestal als informele omschrijvingen. De stamboom zag er als volgt uit:
Tegen het einde van de [[20e eeuw]] bleek het duidelijk dat de bestaande stamboom niet meer voldeed. Het oorspronkelijke [[morfologie (biologie)|morfologisch]] en [[anatomie|anatomisch]] onderzoek, met het uitgangspunt dat [[Verwantschap (biologie)|vormverwantschap duidt op bloedverwantschap]], werd uitgebreid met [[celbiologie|cytologisch]] onderzoek en [[biochemie|biochemisch]] onderzoek aan [[proteïne]]n en aan [[Desoxyribonucleïnezuur|DNA]]. Een eenvoudige indeling in plantenrijk en dierenrijk was niet meer houdbaar: er waren te veel groepen die daar niet te plaatsen waren of juist in beide met evenveel recht. De [[schimmels]] werden al als zelfstandige groep gezien. Het was echter nog niet goed mogelijk een nieuwe stamboom op te stellen zodat de bestaande nog lang in gebruik bleef. Veel van de verouderde namen worden nog steeds gebruikt, maar meestal als informele omschrijvingen. De stamboom zag er als volgt uit:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|style="font-size:85%;line-height:125%;"|{{Stamboom2}}
| style="font-size:85%;line-height:125%;" | {{Stamboom2}}
* {{Stamboom2/einde tak}}[[leven]]
*  
{{Stamboom2/einde tak}}[[leven]]
** Superrijk [[Archaea|''Archaebacteria'']]
** Superrijk [[Archaea|''Archaebacteria'']]
** Superrijk [[Eubacteriën|''Eubacteria'']]
** Superrijk [[Eubacteriën|''Eubacteria'']]
** {{Stamboom2/einde tak}} Superrijk [[Eukaryoten|''Eukaryota'']]
**  
{{Stamboom2/einde tak}}Superrijk [[Eukaryoten|''Eukaryota'']]
*** Rijk [[Planten|''Plantae'' (planten)]]
*** Rijk [[Planten|''Plantae'' (planten)]]
**** [[Algen|''Phycobionta'' (algen)]]
**** [[Algen|''Phycobionta'' (algen)]]
Regel 71: Regel 76:
****** Klasse ''[[Xanthophyceae]]'', ''[[Heterocontae]]''
****** Klasse ''[[Xanthophyceae]]'', ''[[Heterocontae]]''
****** Klasse [[Diatomeeën|''Bacillariophyceae'' (diatomeeën)]]
****** Klasse [[Diatomeeën|''Bacillariophyceae'' (diatomeeën)]]
****** {{Stamboom2/einde tak}} Klasse [[Bruinwieren|''Phaeophyceae'' (bruinwieren)]]
******  
***** {{Stamboom2/einde tak}} Stam [[Roodwieren|''Rhodophyta'' (roodwieren)]]
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Bruinwieren|''Phaeophyceae'' (bruinwieren)]]
*****  
{{Stamboom2/einde tak}}Stam [[Roodwieren|''Rhodophyta'' (roodwieren)]]
**** [[Schimmels|''Mycobionta'' (schimmels)]]
**** [[Schimmels|''Mycobionta'' (schimmels)]]
***** Stam [[Slijmzwammen|''Myxomycota'' (slijmzwammen)]]
***** Stam [[Slijmzwammen|''Myxomycota'' (slijmzwammen)]]
Regel 78: Regel 85:
****** Klasse [[Lagere schimmels|''Phycomycetes'' (wierzwammen)]]
****** Klasse [[Lagere schimmels|''Phycomycetes'' (wierzwammen)]]
****** Klasse [[Pezizomycotina|''Ascomycetes'']] (zakjeszwammen)
****** Klasse [[Pezizomycotina|''Ascomycetes'']] (zakjeszwammen)
****** {{Stamboom2/einde tak}} Klasse [[Basidiomycota|''Basidiomycetes'' (steeltjeszwammen)]]
******  
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Basidiomycota|''Basidiomycetes'' (steeltjeszwammen)]]
***** [[Incertae sedis|?]] [[Fungi imperfecti|(''Deuteromycetes'', ''Fungi imperfecti'')]]
***** [[Incertae sedis|?]] [[Fungi imperfecti|(''Deuteromycetes'', ''Fungi imperfecti'')]]
***** {{Stamboom2/einde tak}} [[Incertae sedis|?]] ([[Korstmos|''Lichenes'', korstmossen)]]
*****  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Incertae sedis|?]] ([[Korstmos|''Lichenes'', korstmossen)]]
**** [[Mossen|''Bryobionta'' (mossen s.l.)]]
**** [[Mossen|''Bryobionta'' (mossen s.l.)]]
***** Klasse [[Levermossen|''Hepaticae'' (levermossen)]]
***** Klasse [[Levermossen|''Hepaticae'' (levermossen)]]
***** Klasse [[Mossen|''Musci'' (bladmossen of mossen s.s.)]]
***** Klasse [[Mossen|''Musci'' (bladmossen of mossen s.s.)]]
***** {{Stamboom2/einde tak}} Klasse [[Hauwmossen|''Anthocerotae'' (hauwmossen)]]
*****  
**** {{Stamboom2/einde tak}} [[Vaatplanten|''Cormobionta'' (vaatplanten)]]
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Hauwmossen|''Anthocerotae'' (hauwmossen)]]
****  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Vaatplanten|''Cormobionta'' (vaatplanten)]]
***** Stam [[Pteropsida|''Pteridophyta'' (vaatcryptogamen)]]
***** Stam [[Pteropsida|''Pteridophyta'' (vaatcryptogamen)]]
****** Klasse [[Psilotopsida|''Psilophytatae'']]
****** Klasse [[Psilotopsida|''Psilophytatae'']]
****** Klasse [[Lycopsida|''Lycopodiatae'' (wolfsklauwen)]]
****** Klasse [[Lycopsida|''Lycopodiatae'' (wolfsklauwen)]]
****** Klasse [[Equisetopsida|''Articulatae'' (paardestaarten)]]
****** Klasse [[Equisetopsida|''Articulatae'' (paardestaarten)]]
****** {{Stamboom2/einde tak}} Klasse [[Varens|''Filicatae'' (varens)]]
******  
***** {{Stamboom2/einde tak}} [[Zaadplanten|''Spermatophyta'' (zaadplanten)]]
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Varens|''Filicatae'' (varens)]]
*****  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Zaadplanten|''Spermatophyta'' (zaadplanten)]]
****** Onderstam [[Naaktzadigen|''Gymnospermae'' (naaktzadigen)]]
****** Onderstam [[Naaktzadigen|''Gymnospermae'' (naaktzadigen)]]
****** {{Stamboom2/einde tak}} Onderstam [[Bedektzadigen|''Angiospermae'' (bedektzadigen)]]
******  
{{Stamboom2/einde tak}}Onderstam [[Bedektzadigen|''Angiospermae'' (bedektzadigen)]]
******* Klasse [[Tweezaadlobbigen|''Dicotyledonae'' (tweezaadlobbigen)]]
******* Klasse [[Tweezaadlobbigen|''Dicotyledonae'' (tweezaadlobbigen)]]
******* {{Stamboom2/einde tak}} Klasse [[Eenzaadlobbigen|''Monocotyledonae'' (eenzaadlobbigen)]]
*******  
*** {{Stamboom2/einde tak}} Rijk [[Dieren (biologie)|''Animalia'' (dieren)]]
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Eenzaadlobbigen|''Monocotyledonae'' (eenzaadlobbigen)]]
***  
{{Stamboom2/einde tak}}Rijk [[Dieren (biologie)|''Animalia'' (dieren)]]
**** Onderrijk [[Protozoa]] ([[eencellige]]n)&nbsp;
**** Onderrijk [[Protozoa]] ([[eencellige]]n)&nbsp;
***** Klasse ''[[Flagellata]]'' (zweepdiertjes)&nbsp;
***** Klasse ''[[Flagellata]]'' (zweepdiertjes)&nbsp;
Regel 107: Regel 123:
****** ''[[Diplomonadina]]''
****** ''[[Diplomonadina]]''
****** ''[[Polymastiginia]]''
****** ''[[Polymastiginia]]''
****** {{Stamboom2/einde tak}} ''[[Opalinia]]''
******  
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Opalinia]]''
***** Klasse [[Wortelpotigen|''Rhizopoda'' (wortelpotigen)]]
***** Klasse [[Wortelpotigen|''Rhizopoda'' (wortelpotigen)]]
***** Klasse [[Apicomplexa|''Sporozoa'' (sporediertjes)]]
***** Klasse [[Apicomplexa|''Sporozoa'' (sporediertjes)]]
***** Klasse ''[[Cnidosporidia]]''
***** Klasse ''[[Cnidosporidia]]''
***** {{Stamboom2/einde tak}} Klasse [[Ciliophora|''Ciliata'', ''Ciliophora'' (trilhaardiertjes)]]
*****  
**** {{Stamboom2/einde tak}} Onderrijk [[Metazoa]] ([[meercellig]]en)&nbsp;
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Ciliophora|''Ciliata'', ''Ciliophora'' (trilhaardiertjes)]]
****  
{{Stamboom2/einde tak}}Onderrijk [[Metazoa]] ([[meercellig]]en)&nbsp;
***** Stam [[Middendiertjes|''Mesozoa'' (middendiertjes)]]
***** Stam [[Middendiertjes|''Mesozoa'' (middendiertjes)]]
***** Stam [[Sponsachtigen|''Parazoa'' (sponsachtigen)]]
***** Stam [[Sponsachtigen|''Parazoa'' (sponsachtigen)]]
***** {{Stamboom2/einde tak}} Stam ''[[Eumetazoa]]'' (orgaandieren)&nbsp;
*****  
{{Stamboom2/einde tak}}Stam ''[[Eumetazoa]]'' (orgaandieren)&nbsp;
****** Onderstam ''[[Radiata]]''
****** Onderstam ''[[Radiata]]''
******* Stam&nbsp;[[Neteldieren|''Cnidaria'' (neteldieren)]]
******* Stam&nbsp;[[Neteldieren|''Cnidaria'' (neteldieren)]]
******* {{Stamboom2/einde tak}} Stam&nbsp;[[Ribkwallen|''Ctenophora'' (ribkwallen)]]
*******  
****** {{Stamboom2/einde tak}} Onderstam ''[[Bilateria]]''
{{Stamboom2/einde tak}}Stam&nbsp;[[Ribkwallen|''Ctenophora'' (ribkwallen)]]
******  
{{Stamboom2/einde tak}}Onderstam ''[[Bilateria]]''
******* ''[[Protostomia]]'' (oermondigen)&nbsp;
******* ''[[Protostomia]]'' (oermondigen)&nbsp;
******** Stam ''[[Tentaculata]]''
******** Stam ''[[Tentaculata]]''
Regel 133: Regel 155:
******** Stam [[Beerdiertjes|''Tardigrada'' (beerdiertjes)]]
******** Stam [[Beerdiertjes|''Tardigrada'' (beerdiertjes)]]
******** Stam [[Fluweelwormen|''Onychophora'' (fluweelwormen)]]
******** Stam [[Fluweelwormen|''Onychophora'' (fluweelwormen)]]
******** {{Stamboom2/einde tak}} Stam [[Geleedpotigen|''Arthropoda'' (geleedpotigen)]]
********  
******* {{Stamboom2/einde tak}} [[Nieuwmondigen|''Deuterostomia'' (nieuwmondigen)]]&nbsp;
{{Stamboom2/einde tak}}Stam [[Geleedpotigen|''Arthropoda'' (geleedpotigen)]]
*******  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Nieuwmondigen|''Deuterostomia'' (nieuwmondigen)]]&nbsp;
******** Stam [[Pijlwormen|''Chaetognatha'' (pijlwormen)]]
******** Stam [[Pijlwormen|''Chaetognatha'' (pijlwormen)]]
******** Stam [[Siboglinidae|''Pogonophora'', ''Branchiata'']]
******** Stam [[Siboglinidae|''Pogonophora'', ''Branchiata'']]
******** Stam [[Kraagdragers|''Hemichordata'']]
******** Stam [[Kraagdragers|''Hemichordata'']]
******** Stam [[Stekelhuidigen|''Echinodermata'' (stekelhuidigen)]]
******** Stam [[Stekelhuidigen|''Echinodermata'' (stekelhuidigen)]]
******** {{Stamboom2/einde tak}} Stam [[Chordadieren|''Chordata'' (chordadieren)]]
********  
{{Stamboom2/einde}}
{{Stamboom2/einde tak}}Stam [[Chordadieren|''Chordata'' (chordadieren)]]{{Stamboom2/einde}}
|}
|}


Regel 146: Regel 170:
De stamboom bleef in ontwikkeling, maar was nog een indeling grotendeels op grond van overeenkomsten in anatomie, embryologie en morfologie. Er heerste nog grote onduidelijkheid op plaatsen waar de stamboom meer dan twee takken vanuit een punt ("harkjes") heeft. Rond de eeuwwisseling werden de eerste contouren van een meer fylogenetische stamboom beter zichtbaar:
De stamboom bleef in ontwikkeling, maar was nog een indeling grotendeels op grond van overeenkomsten in anatomie, embryologie en morfologie. Er heerste nog grote onduidelijkheid op plaatsen waar de stamboom meer dan twee takken vanuit een punt ("harkjes") heeft. Rond de eeuwwisseling werden de eerste contouren van een meer fylogenetische stamboom beter zichtbaar:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|style="font-size:85%;line-height:125%;"|{{Stamboom2}}
| style="font-size:85%;line-height:125%;" | {{Stamboom2}}
* {{Stamboom2/einde tak}}[[leven]]
*  
{{Stamboom2/einde tak}}[[leven]]
** [[Archaea|''Archaebacteria'']]
** [[Archaea|''Archaebacteria'']]
** {{Stamboom2/einde aftakking}}
**  
{{Stamboom2/einde aftakking}}
*** [[Eubacteriën|''Eubacteria'']]
*** [[Eubacteriën|''Eubacteria'']]
*** {{Stamboom2/einde tak}} [[Eukaryoten|''Eukaryota'']]
***  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Eukaryoten|''Eukaryota'']]
**** [[Schimmels|''Mycobionta'' (schimmels)]]
**** [[Schimmels|''Mycobionta'' (schimmels)]]
***** [[Slijmzwammen|''Myxomycota'' (slijmzwammen)]]
***** [[Slijmzwammen|''Myxomycota'' (slijmzwammen)]]
***** {{Stamboom2/einde tak}} [[Fungi|''Eumycota'', incl. ''Lichenes'']]
*****  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Fungi|''Eumycota'', incl. ''Lichenes'']]
**** [[Algen|''Phycobionta'']], inclusief [[planten]]
**** [[Algen|''Phycobionta'']], inclusief [[planten]]
***** [[Dinoflagellaten|''Dinophyta'' (dinoflagellaten)]]
***** [[Dinoflagellaten|''Dinophyta'' (dinoflagellaten)]]
Regel 161: Regel 189:
***** [[Mossen|''Bryobionta'' (mossen)]]
***** [[Mossen|''Bryobionta'' (mossen)]]
****** ''[[Levermossen|Hepaticae'' (levermossen]] + [[hauwmossen]])
****** ''[[Levermossen|Hepaticae'' (levermossen]] + [[hauwmossen]])
****** {{Stamboom2/einde tak}} ''[[Mossen|Musci'' (bladmossen)]]
******  
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Mossen|Musci'' (bladmossen)]]
***** [[Vaatplanten|''Cormobionta'' (vaatplanten)]]&nbsp;
***** [[Vaatplanten|''Cormobionta'' (vaatplanten)]]&nbsp;
****** (vaatcryptogamen), ''[[Pteropsida|Pteridophyta]]'' ([[varens]])
****** (vaatcryptogamen), ''[[Pteropsida|Pteridophyta]]'' ([[varens]])
****** {{Stamboom2/einde tak}} [[Zaadplanten|''Spermatophyta'' (zaadplanten)]]
******  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Zaadplanten|''Spermatophyta'' (zaadplanten)]]
******* [[Bedektzadigen|''Angiospermae'' (bedektzadigen)]]
******* [[Bedektzadigen|''Angiospermae'' (bedektzadigen)]]
******* {{Stamboom2/einde tak}} [[Naaktzadigen|''Gymnospermae'' (naaktzadigen)]]
*******  
***** {{Stamboom2/einde tak}} [[Groenwieren|''Chlorophyta'' (groenwieren)]]
{{Stamboom2/einde tak}}[[Naaktzadigen|''Gymnospermae'' (naaktzadigen)]]
**** {{Stamboom2/einde aftakking}}
*****  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Groenwieren|''Chlorophyta'' (groenwieren)]]
****  
{{Stamboom2/einde aftakking}}
***** ''[[Euglenozoa|Euglenophyta]]''
***** ''[[Euglenozoa|Euglenophyta]]''
***** {{Stamboom2/einde tak}} [[Dieren (biologie)|''Animalia'' (dieren)]]
*****  
****** {{Stamboom2/aftakking}}
{{Stamboom2/einde tak}}[[Dieren (biologie)|''Animalia'' (dieren)]]
******  
{{Stamboom2/aftakking}}
******* [[Flagellata|''Zooflagellata'' (zweepdiertjes)]]
******* [[Flagellata|''Zooflagellata'' (zweepdiertjes)]]
******* {{Stamboom2/einde aftakking}}
*******  
{{Stamboom2/einde aftakking}}
******** ''[[Coelenterata]]''&nbsp;
******** ''[[Coelenterata]]''&nbsp;
********* ''[[Acnidaria]]'', [[Ribkwallen|''Ctenophora'' (ribkwallen)]]
********* ''[[Acnidaria]]'', [[Ribkwallen|''Ctenophora'' (ribkwallen)]]
********* {{Stamboom2/einde tak}} ''[[Neteldieren|Cnidaria (neteldieren)]]''
*********  
********** {{Stamboom2/aftakking}}
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Neteldieren|Cnidaria (neteldieren)]]''
**********  
{{Stamboom2/aftakking}}
*********** ''[[Anthozoa]]'' ([[bloemdieren]])
*********** ''[[Anthozoa]]'' ([[bloemdieren]])
*********** {{Stamboom2/einde tak}}''[[Scyphozoa]]'' ([[schijfkwallen]])
***********  
********** {{Stamboom2/einde tak}} ''[[Hydrozoa]]'' ([[hydroïdpoliepen]])
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Scyphozoa]]'' ([[schijfkwallen]])
**********  
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Hydrozoa]]'' ([[hydroïdpoliepen]])
******** ''[[Coelomata]]''&nbsp;
******** ''[[Coelomata]]''&nbsp;
********* {{Stamboom2/aftakking}}
*********  
********** {{Stamboom2/aftakking}}
{{Stamboom2/aftakking}}
**********  
{{Stamboom2/aftakking}}
*********** ''[[Notoneuralia]]'', ''[[Chordadieren|Chordata]]''
*********** ''[[Notoneuralia]]'', ''[[Chordadieren|Chordata]]''
************ [[Manteldieren|''Tunicata'' (manteldieren)]]
************ [[Manteldieren|''Tunicata'' (manteldieren)]]
************ {{Stamboom2/einde aftakking}}
************  
{{Stamboom2/einde aftakking}}
************* [[Gewervelden|''Vertebrata'' (gewervelden)]]
************* [[Gewervelden|''Vertebrata'' (gewervelden)]]
************* {{Stamboom2/einde tak}} [[Schedellozen|''Acrania'' (lancetvisjes)]]
*************  
*********** {{Stamboom2/einde tak}} ''[[Kraagdragers|Hemichordata]]''
{{Stamboom2/einde tak}}[[Schedellozen|''Acrania'' (lancetvisjes)]]
********** {{Stamboom2/einde tak}} [[Stekelhuidigen|''Echinodermata'' (stekelhuidigen)]]
***********  
********* {{Stamboom2/einde aftakking}}
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Kraagdragers|Hemichordata]]''
**********  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Stekelhuidigen|''Echinodermata'' (stekelhuidigen)]]
*********  
{{Stamboom2/einde aftakking}}
********** [[Tentaculata]]''
********** [[Tentaculata]]''
********** {{Stamboom2/einde tak}} ''[[Gastroneuralia]]'', ''[[Spiralia]]''
**********  
*********** {{Stamboom2/aftakking}}
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Gastroneuralia]]'', ''[[Spiralia]]''
************ {{Stamboom2/aftakking}}
***********  
************* {{Stamboom2/aftakking}}
{{Stamboom2/aftakking}}
************  
{{Stamboom2/aftakking}}
*************  
{{Stamboom2/aftakking}}
************** [[weekdieren|''Mollusca'' (weekdieren)]]
************** [[weekdieren|''Mollusca'' (weekdieren)]]
************** {{Stamboom2/einde tak}} [[Geleedpotigen|''Articulata'' (geleedpotigen)]]
**************  
************* {{Stamboom2/einde tak}} [[Pindawormen|''Sipunculata'' (spuitwormen)]]
{{Stamboom2/einde tak}}[[Geleedpotigen|''Articulata'' (geleedpotigen)]]
************ {{Stamboom2/einde tak}} [[Snoerwormen|''Nemthelmintes'' (snoerwormen)]]
*************  
*********** {{Stamboom2/einde tak}} [[Platwormen|''Platyhelminthes'' (platwormen)]]
{{Stamboom2/einde tak}}[[Pindawormen|''Sipunculata'' (spuitwormen)]]
******** {{Stamboom2/einde tak}} [[Sponsachtigen|''Parazoa'' (sponsachtigen)]]
************  
****** {{Stamboom2/aftakking}}
{{Stamboom2/einde tak}}[[Snoerwormen|''Nemthelmintes'' (snoerwormen)]]
***********  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Platwormen|''Platyhelminthes'' (platwormen)]]
********  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Sponsachtigen|''Parazoa'' (sponsachtigen)]]
******  
{{Stamboom2/aftakking}}
******* [[Ciliophora|''Ciliata'' (trilhaardiertjes)]]
******* [[Ciliophora|''Ciliata'' (trilhaardiertjes)]]
******* {{Stamboom2/einde tak}} [[Middendiertjes|''Mesozoa'' (middendiertjes)]]
*******  
{{Stamboom2/einde tak}}[[Middendiertjes|''Mesozoa'' (middendiertjes)]]
****** [[Wortelpotigen|''Rhizopoda'' (wortelpotigen)]]
****** [[Wortelpotigen|''Rhizopoda'' (wortelpotigen)]]
****** {{Stamboom2/einde tak}} [[Apicomplexa|''Sporozoa'', ''Apicomplexa'']]
******  
{{Stamboom2/einde}}
{{Stamboom2/einde tak}}[[Apicomplexa|''Sporozoa'', ''Apicomplexa'']]{{Stamboom2/einde}}
|}
|}


==Zie ook==
== Zie ook ==
* [[fylogenie]]
* [[fylogenie]]
* [[cladogram]]
* [[cladogram]]
Regel 224: Regel 282:
}}
}}


[[Categorie:Verwantschap]]
[[Categorie:Verwantschap]][[Categorie:Diagram]][[Categorie:Taxonomie]]
[[Categorie:Diagram]]
[[Categorie:Taxonomie]]

Versie van 4 apr 2024 15:50

Een fylogenetische stamboom geeft grafisch weer hoe verschillende taxa verwant zijn. Bovenstaande stamboom geeft een overzicht van de verwantschap tussen de rijken waar alle organismen onder vallen.

Een fylogenetische stamboom is in de evolutiebiologie een schema dat de evolutionaire geschiedenis van een bepaalde groep verwante biologische soorten (of andere taxa) weergeeft. De relaties zelf worden de fylogenie genoemd. De boom laat het patroon zien waarmee de soorten van een gemeenschappelijke voorouder afstammen. Hij laat zien wanneer bepaalde taxa en afstammingslijnen verschenen en hoe nauw deze taxa met elkaar verwant zijn. [1]

In de boom representeert elk knooppunt de recentste gemeenschappelijke voorouder en de gerichte lijnen hun relatie. Soms geeft de lengte van de lijnen een schatting van de verstreken tijd weer. Aan de uiteinden en niet bij de knopen staan de taxonomische eenheden. Interne knooppunten noemt men hypothetische taxonomische eenheden omdat deze niet direct waargenomen kunnen worden. Vaak wordt er bij een knoop toch de naam van een taxonomische groep gezet om het verband te tonen met een taxonomische indeling - zo wordt aangegeven dat alle er onder staande taxa tot die bepaalde taxonomische groep behoren. <span class="mwt-editable mwt-comment" id="R1712281210337" " draggable="false" contenteditable="true">

Opmaak van een Fylogenetische Stamboom

-orthologe genen -paraloge genen -xenologe genen

Neem steeds een outgroup mee, wanneer je een fylogenetische stamboom opmaakt.

Hypothesen

Eocyte-hypothese

Bij verschil van inzicht ontstaan verschillende stambomen naast elkaar. Het voorbeeld toont verschillende hypothesen voor het ontstaan van de eukaryoten. [2] Links hebben alle archaebacteriën (Euryarchaeota + Crenarchaeota) en de Eukaryoten één gezamenlijke voorouder en vormen twee aparte domeinen. Rechts hebben de Eukaryoten zich pas later samen met de Crenarchaeota ontwikkeld uit één gemeenschappelijke voorouder (vanaf het pijltje). Daar vormen de Archaea en de Eukaryoten samen één domein. Links vormen de Archaea een monofyletisch taxon, rechts is die groep parafyletisch.

Stamboom van het cellulaire leven

Hoewel virussen duidelijke, en vaak ook snelle evolutie vertonen (denk aan griepvirussen en hiv), worden ze niet gerekend tot het leven, onder andere omdat ze niet bestaan uit cellen. Hoe het fylogenetisch verband is tussen virussen en het cellulaire leven is nog verre van duidelijk.

Een verkort overzicht van de domeinen en supergroepen van het cellulaire leven ziet er dan als volgt uit:

Fylogenetische stamboom domeinen, supergroepen en rijken
(→ behoort tot de ...) wordt ook gerekend tot een polyfyletische groep

Een meer uitgewerkt voorbeeld van een stamboom van het cellulaire leven naar J.R. Holt en C.A. Iudica:

Fylogenetische stamboom van het cellulaire leven
  • LUCA
    • een polyfyletische groep
    (→ behoort tot de ...) wordt ook gerekend tot een polyfyletische groep

    Geschiedenis

    Indeling van Aristoteles

    Stamboom volgens Ernst Haeckel uit 1866.
    Stamboom volgens Ernst Haeckel uit 1874, met de mens bovenaan als sluitstuk van de evolutie.

    Pogingen tot classificatie van organismen zijn er al zeer lang. Aristoteles (384-322 v.Chr.) maakte een indeling van de dieren, waarin al een begin van een fylogenie is te herkennen:

  • schubloos (amfibieën)
  • vissen
          • spoelvormige kraakbeenvissen (haaien)
          • platte kraakbeenvissen (roggen)
  • beenvissen
  • Anaima (dieren zonder bloed) (± ongewervelden)
  • schaaldieren (± weekdieren + stekelhuidigen)

    • Laatste kwart 20e eeuw

    Tegen het einde van de 20e eeuw bleek het duidelijk dat de bestaande stamboom niet meer voldeed. Het oorspronkelijke morfologisch en anatomisch onderzoek, met het uitgangspunt dat vormverwantschap duidt op bloedverwantschap, werd uitgebreid met cytologisch onderzoek en biochemisch onderzoek aan proteïnen en aan DNA. Een eenvoudige indeling in plantenrijk en dierenrijk was niet meer houdbaar: er waren te veel groepen die daar niet te plaatsen waren of juist in beide met evenveel recht. De schimmels werden al als zelfstandige groep gezien. Het was echter nog niet goed mogelijk een nieuwe stamboom op te stellen zodat de bestaande nog lang in gebruik bleef. Veel van de verouderde namen worden nog steeds gebruikt, maar meestal als informele omschrijvingen. De stamboom zag er als volgt uit:

  • leven
  • Superrijk Eukaryota
  • Klasse Phaeophyceae (bruinwieren)
  • Stam Rhodophyta (roodwieren)
  • Klasse Basidiomycetes (steeltjeszwammen)
  • ? (Lichenes, korstmossen)
  • Klasse Anthocerotae (hauwmossen)
  • Cormobionta (vaatplanten)
  • Klasse Filicatae (varens)
  • Spermatophyta (zaadplanten)
  • Onderstam Angiospermae (bedektzadigen)
  • Klasse Monocotyledonae (eenzaadlobbigen)
  • Rijk Animalia (dieren)
  • Opalinia
  • Klasse Ciliata, Ciliophora (trilhaardiertjes)
  • Onderrijk Metazoa (meercelligen) 
  • Stam Eumetazoa (orgaandieren) 
  • Stam Ctenophora (ribkwallen)
  • Onderstam Bilateria
  • Stam Arthropoda (geleedpotigen)
  • Deuterostomia (nieuwmondigen) 
  • Stam Chordata (chordadieren)

    • Naar de 21e eeuw

    De stamboom bleef in ontwikkeling, maar was nog een indeling grotendeels op grond van overeenkomsten in anatomie, embryologie en morfologie. Er heerste nog grote onduidelijkheid op plaatsen waar de stamboom meer dan twee takken vanuit een punt ("harkjes") heeft. Rond de eeuwwisseling werden de eerste contouren van een meer fylogenetische stamboom beter zichtbaar:

  • leven
  • Eukaryota
  • Eumycota, incl. Lichenes
  • Musci (bladmossen)
  • Spermatophyta (zaadplanten)
  • Gymnospermae (naaktzadigen)
  • Chlorophyta (groenwieren)
  • Animalia (dieren)
  • Cnidaria (neteldieren)
  • Scyphozoa (schijfkwallen)
  • Hydrozoa (hydroïdpoliepen)
  • Acrania (lancetvisjes)
  • Hemichordata
  • Echinodermata (stekelhuidigen)
  • Gastroneuralia, Spiralia
  • Articulata (geleedpotigen)
  • Sipunculata (spuitwormen)
  • Nemthelmintes (snoerwormen)
  • Platyhelminthes (platwormen)
  • Parazoa (sponsachtigen)
  • Mesozoa (middendiertjes)
  • Sporozoa, Apicomplexa

    • Zie ook

    Bronnen, noten, referenties

    Overgenomen van "https://wiki-raamsdonk.nl/index.php?title=Fylogenetische_stamboom&oldid=85587"