Brontekst bekijken van Fylogenetische stamboom

[[Bestand:Phylogenetic tree.svg|thumb|450px|Een fylogenetische stamboom geeft grafisch weer hoe verschillende taxa verwant zijn. Bovenstaande stamboom geeft een overzicht van de verwantschap tussen de [[rijk (biologie)|rijken]] waar alle organismen onder vallen.]]
Een '''fylogenetische stamboom''' is in de [[evolutiebiologie]] een schema dat de [[Evolutie (biologie)|evolutionaire]] geschiedenis van een bepaalde groep verwante [[biologie|biologische]] [[soort]]en (of andere [[taxon|taxa]]) weergeeft. De relaties zelf worden de [[fylogenie]] genoemd. De boom laat het patroon zien waarmee de soorten van een [[gemeenschappelijke voorouder]] afstammen. Hij laat zien wanneer bepaalde taxa en [[Evolutietheorie|afstammingslijnen]] verschenen en hoe nauw deze taxa met elkaar [[Verwantschap (biologie)|verwant]] zijn. <ref>Freeman & Herron (2003), pp 549-550</ref> 

In de boom representeert elk [[knooppunt (wiskunde)|knooppunt]] de [[recentste gemeenschappelijke voorouder]] en de [[Grafentheorie|gerichte]] lijnen hun relatie. Soms geeft de lengte van de lijnen een schatting van de verstreken tijd weer. Aan de uiteinden en niet bij de knopen staan de ''taxonomische eenheden''. Interne knooppunten noemt men ''hypothetische taxonomische eenheden'' omdat deze niet direct [[waarneming (perceptie)|waargenomen]] kunnen worden. Vaak wordt er bij een knoop toch de naam van een taxonomische groep gezet om het verband te tonen met een taxonomische indeling - zo wordt aangegeven dat alle er onder staande taxa tot die bepaalde taxonomische groep behoren.
&lt;span class="mwt-editable mwt-comment" id="R1712281210337" " draggable="false" contenteditable="true"&gt;

==Opmaak van een Fylogenetische Stamboom==
-[[orthologe genen]]
-[[paraloge genen]]
-[[xenologe genen]]

Neem steeds een outgroup mee, wanneer je een fylogenetische stamboom opmaakt.
== Hypothesen ==
[[Bestand:Eocyte hypothesis.png|thumb|350px|Eocyte-hypothese]]
Bij verschil van inzicht ontstaan verschillende stambomen naast elkaar. Het voorbeeld toont verschillende [[hypothese]]n voor het ontstaan van de eukaryoten. <ref>{{Citeer journal | author = Cox, C. J., Foster, P. G., Hirt, R. P., Harris, S. R., Embley, T. M. | date = 2008 | title = The archaebacterial origin of eukaryotes | journal = Proc Natl Acad Sci U S A | volume = 105 | issue = 51 | pages = 20356-61 | doi = 10.1073/pnas.0810647105}}</ref>  Links hebben alle [[Archaea|archaebacteriën]] ([[Euryarchaeota]] + [[Crenarchaeota]]) en de [[Eukaryoten]] één gezamenlijke voorouder en vormen twee aparte [[domeinen]]. Rechts hebben de [[Eukaryoten]] zich pas later samen met de Crenarchaeota ontwikkeld uit één gemeenschappelijke voorouder (vanaf het pijltje). Daar vormen de Archaea en de Eukaryoten samen één domein. Links vormen de Archaea een [[Monofyletische groep|monofyletisch]] taxon, rechts is die groep [[Parafyletische groep|parafyletisch]].
{{Clearboth}}

== Stamboom van het cellulaire leven ==
Hoewel [[Virus (biologie)|virus]]sen duidelijke, en vaak ook snelle [[evolutie (biologie)|evolutie]] vertonen (denk aan [[Orthomyxoviridae|griepvirussen]] en [[hiv]]), worden ze niet gerekend tot het [[leven]], onder andere omdat ze niet bestaan uit [[cel (biologie)|cel]]len. Hoe het fylogenetisch verband is tussen virussen en het cellulaire leven is nog verre van duidelijk.

Een verkort overzicht van de [[Domein (biologie)|domein]]en en [[supergroep (biologie)|supergroep]]en van het cellulaire leven ziet er dan als volgt uit:
{{Stamboom domeinen en supergroepen}}

Een meer uitgewerkt voorbeeld van een stamboom van het cellulaire leven naar J.R. Holt en C.A. Iudica:
{{Stamboom van het cellulaire leven}}

=== Geschiedenis ===
==== Indeling van Aristoteles ====
[[Bestand:Haeckel arbol bn.jpg|thumb|Stamboom volgens [[Ernst Haeckel]] uit 1866.]]
[[Bestand:stammbaum_haeckel.jpg|thumb|Stamboom volgens [[Ernst Haeckel]] uit 1874, met de mens bovenaan als sluitstuk van de evolutie.]]
Pogingen tot [[classificatie]] van [[organisme]]n zijn er al zeer lang. [[Aristoteles]] (384-322 v.Chr.) maakte een indeling van de '''[[Dieren (biologie)|dieren]]''', waarin al een begin van een fylogenie is te herkennen:

{| class="wikitable"
| style="font-size:85%;line-height:125%;" | {{Stamboom2}}
* '''Dieren'''
** '''Enhaima''' (dieren met bloed) (± [[gewervelden]])
*** levenbarende viervoeters (± [[zoogdieren]])
*** beveerd ([[vogels]])
*** eierleggende dieren
**** beschubd ([[reptielen]])
**** 
{{Stamboom2/einde tak}}schubloos ([[amfibieën]])
*** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[vissen (dieren)|vissen]]
**** spoelvormige kraakbeenvissen ([[haaien]])
**** platte kraakbeenvissen ([[roggen]])
**** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[beenvissen]]
** 
{{Stamboom2/einde tak}}'''Anaima''' (dieren zonder bloed) (± [[ongewervelden]])
*** weekdieren (± [[inktvissen]])
*** weke schaaldieren (± [[kreeftachtigen]])
*** gelede dieren (± [[insecten]] + [[spinnen (dieren)|spinnen]] + [[ringwormen]])
*** 
{{Stamboom2/einde tak}}schaaldieren (± [[weekdieren]] + [[stekelhuidigen]])
{{Stamboom2/einde}}
|}

==== Laatste kwart 20e eeuw ====
Tegen het einde van de [[20e eeuw]] bleek het duidelijk dat de bestaande stamboom niet meer voldeed. Het oorspronkelijke [[morfologie (biologie)|morfologisch]] en [[anatomie|anatomisch]] onderzoek, met het uitgangspunt dat [[Verwantschap (biologie)|vormverwantschap duidt op bloedverwantschap]], werd uitgebreid met [[celbiologie|cytologisch]] onderzoek en [[biochemie|biochemisch]] onderzoek aan [[proteïne]]n en aan [[Desoxyribonucleïnezuur|DNA]]. Een eenvoudige indeling in plantenrijk en dierenrijk was niet meer houdbaar: er waren te veel groepen die daar niet te plaatsen waren of juist in beide met evenveel recht. De [[schimmels]] werden al als zelfstandige groep gezien. Het was echter nog niet goed mogelijk een nieuwe stamboom op te stellen zodat de bestaande nog lang in gebruik bleef. Veel van de verouderde namen worden nog steeds gebruikt, maar meestal als informele omschrijvingen. De stamboom zag er als volgt uit:
{| class="wikitable"
| style="font-size:85%;line-height:125%;" | {{Stamboom2}}
* 
{{Stamboom2/einde tak}}[[leven]]
** Superrijk [[Archaea|''Archaebacteria'']]
** Superrijk [[Eubacteriën|''Eubacteria'']]
** 
{{Stamboom2/einde tak}}Superrijk [[Eukaryoten|''Eukaryota'']]
*** Rijk [[Planten|''Plantae'' (planten)]]
**** [[Algen|''Phycobionta'' (algen)]]
***** Stam [[Euglenoida|''Euglenophyta'', ''Euglenozoa'']]
***** Stam [[Groenwieren|''Chlorophyta'', ''Phytomonadina'' (groenwieren)]]
***** Stam [[Dinoflagellaten|''Dinophyta'', ''Dinoflagellatae'' (dinoflagellaten)]]
***** Stam ''[[Chromista|Chromophyta]]''
****** Klasse ''[[Chrysophyceae]]'', ''[[Chrysomonadina]]'' (goudwieren)
****** Klasse ''[[Xanthophyceae]]'', ''[[Heterocontae]]''
****** Klasse [[Diatomeeën|''Bacillariophyceae'' (diatomeeën)]]
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Bruinwieren|''Phaeophyceae'' (bruinwieren)]]
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}Stam [[Roodwieren|''Rhodophyta'' (roodwieren)]]
**** [[Schimmels|''Mycobionta'' (schimmels)]]
***** Stam [[Slijmzwammen|''Myxomycota'' (slijmzwammen)]]
***** Stam [[Schimmels|''Eumycota'']]
****** Klasse [[Lagere schimmels|''Phycomycetes'' (wierzwammen)]]
****** Klasse [[Pezizomycotina|''Ascomycetes'']] (zakjeszwammen)
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Basidiomycota|''Basidiomycetes'' (steeltjeszwammen)]]
***** [[Incertae sedis|?]] [[Fungi imperfecti|(''Deuteromycetes'', ''Fungi imperfecti'')]]
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Incertae sedis|?]] ([[Korstmos|''Lichenes'', korstmossen)]]
**** [[Mossen|''Bryobionta'' (mossen s.l.)]]
***** Klasse [[Levermossen|''Hepaticae'' (levermossen)]]
***** Klasse [[Mossen|''Musci'' (bladmossen of mossen s.s.)]]
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Hauwmossen|''Anthocerotae'' (hauwmossen)]]
**** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Vaatplanten|''Cormobionta'' (vaatplanten)]]
***** Stam [[Pteropsida|''Pteridophyta'' (vaatcryptogamen)]]
****** Klasse [[Psilotopsida|''Psilophytatae'']]
****** Klasse [[Lycopsida|''Lycopodiatae'' (wolfsklauwen)]]
****** Klasse [[Equisetopsida|''Articulatae'' (paardestaarten)]]
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Varens|''Filicatae'' (varens)]]
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Zaadplanten|''Spermatophyta'' (zaadplanten)]]
****** Onderstam [[Naaktzadigen|''Gymnospermae'' (naaktzadigen)]]
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}Onderstam [[Bedektzadigen|''Angiospermae'' (bedektzadigen)]]
******* Klasse [[Tweezaadlobbigen|''Dicotyledonae'' (tweezaadlobbigen)]]
******* 
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Eenzaadlobbigen|''Monocotyledonae'' (eenzaadlobbigen)]]
*** 
{{Stamboom2/einde tak}}Rijk [[Dieren (biologie)|''Animalia'' (dieren)]]
**** Onderrijk [[Protozoa]] ([[eencellige]]n)&nbsp;
***** Klasse ''[[Flagellata]]'' (zweepdiertjes)&nbsp;
****** ''[[Chrysomonadina]]'', ''[[Chrysophyceae]]''
****** [[Euglenozoa|''Euglenoidina'', ''Euglenophyta'']]
****** ''Phytomonadina'', ''[[Chlorophyceae]]''
****** ''[[Cryptomonadina]]'', ''[[Cryptophyta]]''
****** ''[[Dinoflagellatae]]'', ''Dinophyta''
****** ''[[Protomonadina]]''
****** ''[[Diplomonadina]]''
****** ''[[Polymastiginia]]''
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Opalinia]]''
***** Klasse [[Wortelpotigen|''Rhizopoda'' (wortelpotigen)]]
***** Klasse [[Apicomplexa|''Sporozoa'' (sporediertjes)]]
***** Klasse ''[[Cnidosporidia]]''
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}Klasse [[Ciliophora|''Ciliata'', ''Ciliophora'' (trilhaardiertjes)]]
**** 
{{Stamboom2/einde tak}}Onderrijk [[Metazoa]] ([[meercellig]]en)&nbsp;
***** Stam [[Middendiertjes|''Mesozoa'' (middendiertjes)]]
***** Stam [[Sponsachtigen|''Parazoa'' (sponsachtigen)]]
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}Stam ''[[Eumetazoa]]'' (orgaandieren)&nbsp;
****** Onderstam ''[[Radiata]]''
******* Stam&nbsp;[[Neteldieren|''Cnidaria'' (neteldieren)]]
******* 
{{Stamboom2/einde tak}}Stam&nbsp;[[Ribkwallen|''Ctenophora'' (ribkwallen)]]
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}Onderstam ''[[Bilateria]]''
******* ''[[Protostomia]]'' (oermondigen)&nbsp;
******** Stam ''[[Tentaculata]]''
******** Stam [[Platwormen|''Platyhelminthes'' (platwormen)]]
******** Stam [[Tandmondwormen|''Gnathostomulida'' (tandmondwormen)]]
******** Stam [[Snoerwormen|''Nemertini'' (snoerwormen)]]
******** Stam [[Rondwormen|''Aschelminthes'' (rondwormen)]]
******** Stam [[Weekdieren|''Mollusca'' (weekdieren)]]
******** Stam [[Pindawormen|''Sipunculida'' (spuitwormen)]]
******** Stam [[Kelkwormen|''Kamptozoa'', ''Entoprocta'' (kelkwormen)]]
******** Stam [[Ringwormen|''Annelida'' (ringwormen)]]
******** Stam ''[[Pentastomida]]'', ''Linguatulida''
******** Stam [[Beerdiertjes|''Tardigrada'' (beerdiertjes)]]
******** Stam [[Fluweelwormen|''Onychophora'' (fluweelwormen)]]
******** 
{{Stamboom2/einde tak}}Stam [[Geleedpotigen|''Arthropoda'' (geleedpotigen)]]
******* 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Nieuwmondigen|''Deuterostomia'' (nieuwmondigen)]]&nbsp;
******** Stam [[Pijlwormen|''Chaetognatha'' (pijlwormen)]]
******** Stam [[Siboglinidae|''Pogonophora'', ''Branchiata'']]
******** Stam [[Kraagdragers|''Hemichordata'']]
******** Stam [[Stekelhuidigen|''Echinodermata'' (stekelhuidigen)]]
******** 
{{Stamboom2/einde tak}}Stam [[Chordadieren|''Chordata'' (chordadieren)]]{{Stamboom2/einde}}
|}

==== Naar de 21e eeuw ====
De stamboom bleef in ontwikkeling, maar was nog een indeling grotendeels op grond van overeenkomsten in anatomie, embryologie en morfologie. Er heerste nog grote onduidelijkheid op plaatsen waar de stamboom meer dan twee takken vanuit een punt ("harkjes") heeft. Rond de eeuwwisseling werden de eerste contouren van een meer fylogenetische stamboom beter zichtbaar:
{| class="wikitable"
| style="font-size:85%;line-height:125%;" | {{Stamboom2}}
* 
{{Stamboom2/einde tak}}[[leven]]
** [[Archaea|''Archaebacteria'']]
** 
{{Stamboom2/einde aftakking}}
*** [[Eubacteriën|''Eubacteria'']]
*** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Eukaryoten|''Eukaryota'']]
**** [[Schimmels|''Mycobionta'' (schimmels)]]
***** [[Slijmzwammen|''Myxomycota'' (slijmzwammen)]]
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Fungi|''Eumycota'', incl. ''Lichenes'']]
**** [[Algen|''Phycobionta'']], inclusief [[planten]]
***** [[Dinoflagellaten|''Dinophyta'' (dinoflagellaten)]]
***** [[Roodwieren|''Rhodophyta'' (roodwieren)]]
***** ''[[Chromophyta]]''
***** [[Mossen|''Bryobionta'' (mossen)]]
****** ''[[Levermossen|Hepaticae'' (levermossen]] + [[hauwmossen]])
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Mossen|Musci'' (bladmossen)]]
***** [[Vaatplanten|''Cormobionta'' (vaatplanten)]]&nbsp;
****** (vaatcryptogamen), ''[[Pteropsida|Pteridophyta]]'' ([[varens]])
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Zaadplanten|''Spermatophyta'' (zaadplanten)]]
******* [[Bedektzadigen|''Angiospermae'' (bedektzadigen)]]
******* 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Naaktzadigen|''Gymnospermae'' (naaktzadigen)]]
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Groenwieren|''Chlorophyta'' (groenwieren)]]
**** 
{{Stamboom2/einde aftakking}}
***** ''[[Euglenozoa|Euglenophyta]]''
***** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Dieren (biologie)|''Animalia'' (dieren)]]
****** 
{{Stamboom2/aftakking}}
******* [[Flagellata|''Zooflagellata'' (zweepdiertjes)]]
******* 
{{Stamboom2/einde aftakking}}
******** ''[[Coelenterata]]''&nbsp;
********* ''[[Acnidaria]]'', [[Ribkwallen|''Ctenophora'' (ribkwallen)]]
********* 
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Neteldieren|Cnidaria (neteldieren)]]''
********** 
{{Stamboom2/aftakking}}
*********** ''[[Anthozoa]]'' ([[bloemdieren]])
*********** 
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Scyphozoa]]'' ([[schijfkwallen]])
********** 
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Hydrozoa]]'' ([[hydroïdpoliepen]])
******** ''[[Coelomata]]''&nbsp;
********* 
{{Stamboom2/aftakking}}
********** 
{{Stamboom2/aftakking}}
*********** ''[[Notoneuralia]]'', ''[[Chordadieren|Chordata]]''
************ [[Manteldieren|''Tunicata'' (manteldieren)]]
************ 
{{Stamboom2/einde aftakking}}
************* [[Gewervelden|''Vertebrata'' (gewervelden)]]
************* 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Schedellozen|''Acrania'' (lancetvisjes)]]
*********** 
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Kraagdragers|Hemichordata]]''
********** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Stekelhuidigen|''Echinodermata'' (stekelhuidigen)]]
********* 
{{Stamboom2/einde aftakking}}
********** [[Tentaculata]]''
********** 
{{Stamboom2/einde tak}}''[[Gastroneuralia]]'', ''[[Spiralia]]''
*********** 
{{Stamboom2/aftakking}}
************ 
{{Stamboom2/aftakking}}
************* 
{{Stamboom2/aftakking}}
************** [[weekdieren|''Mollusca'' (weekdieren)]]
************** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Geleedpotigen|''Articulata'' (geleedpotigen)]]
************* 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Pindawormen|''Sipunculata'' (spuitwormen)]]
************ 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Snoerwormen|''Nemthelmintes'' (snoerwormen)]]
*********** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Platwormen|''Platyhelminthes'' (platwormen)]]
******** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Sponsachtigen|''Parazoa'' (sponsachtigen)]]
****** 
{{Stamboom2/aftakking}}
******* [[Ciliophora|''Ciliata'' (trilhaardiertjes)]]
******* 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Middendiertjes|''Mesozoa'' (middendiertjes)]]
****** [[Wortelpotigen|''Rhizopoda'' (wortelpotigen)]]
****** 
{{Stamboom2/einde tak}}[[Apicomplexa|''Sporozoa'', ''Apicomplexa'']]{{Stamboom2/einde}}
|}

== Zie ook ==
* [[fylogenie]]
* [[cladogram]]

== Bronnen, noten, referenties ==

{{Appendix|1=voet|2=
{{References}}
'''Literatuur'''
*Baum, D. 2008: [https://www.nature.com/scitable/topicpage/reading-a-phylogenetic-tree-the-meaning-of-41956/ ''Reading a Phylogenetic Tree: The Meaning of Monophyletic Groups.''] Nature Education
*Freeman, S. & Herron, J.C. 2003: ''Evolutionary Analysis'', Pearson Prentice Hall, {{ISBN|0-13-101859-0}}.
}}

[[Categorie:Verwantschap]][[Categorie:Diagram]][[Categorie:Taxonomie]]